Komisja Europejska oficjalnie wezwała Polskę do dostosowania przepisów krajowych dotyczących wyłączeń prawa do odliczenia VAT należnego lub zapłaconego od niektórych pojazdów silnikowych i od paliwa nabywanego do napędu tych pojazdów do przepisów dyrektywy w sprawie podatku VAT.

Wniosek ma formę uzasadnionej opinii przewidzianej w art. 226 Traktatu WE i stanowi drugi etap postępowania w sprawie naruszenia przepisów. Jeżeli właściwe przepisy krajowe nie zostaną zmienione w ciągu dwóch miesięcy zgodnie z uzasadnioną opinią, Komisja może zdecydować o skierowaniu sprawy do Trybunału Sprawiedliwości.

Zgodnie z dyrektywą w sprawie podatku VAT (art. 176) państwa członkowskie, które przystąpiły do Wspólnoty Europejskiej po dniu 1 stycznia 1979 r., mogą utrzymać wszystkie wyłączenia prawa do odliczenia VAT przewidziane w prawie krajowym na dzień ich przystąpienia. Trybunał Sprawiedliwości orzekł, że państwa członkowskie mogą zmienić przedmiotowe wyłączenia po przystąpieniu do WE tylko wówczas, gdy zmiany te wiążą się ze zniesieniem wyłączeń lub co najmniej ograniczeniem ich zakresu. Niedozwolone są natomiast zmiany prowadzące do rozszerzenia zakresu wyłączenia.

Komisja uznaje ponadto, że dyrektywa w sprawie podatku VAT nie pozwala państwom członkowskim, które przystąpiły do Wspólnoty Europejskiej po dniu 1 stycznia 1979 roku, na rozszerzenie zakresu wyłączeń prawa do odliczenia VAT z chwilą przystąpienia, tzn. poprzez zmianę wcześniej obowiązujących przepisów wchodzącą w życie w dniu przystąpienia. Ewentualne zmiany wchodzące w życie z chwilą przystąpienia do WE mogą dotyczyć wyłącznie zniesienia lub co najmniej ograniczenia wcześniej obowiązujących wyłączeń prawa do odliczenia VAT.

Obowiązujące w Polsce wyłączenia prawa do odliczenia VAT zapłaconego z tytułu nabycia pojazdów silnikowych oraz paliwa zostały zmienione z dniem przystąpienia do WE (1 maja 2004), a także po tej dacie (22 sierpnia 2005). W związku z tymi zmianami niektóre rodzaje pojazdów silnikowych (oraz paliwo nabywane do ich napędu), które zgodnie z wcześniej obowiązującym ustawodawstwem podlegały ogólnym zasadom odliczenia, zostały objęte wyłączeniem prawa do odliczenia. Ponieważ ustawodawstwo to obowiązywało w Polsce bezpośrednio przed jej przystąpieniem do WE, zakres wyłączeń został rozszerzony (przynajmniej w niektórych przypadkach) z naruszeniem prawa wspólnotowego.

Z tego powodu Komisja w uzasadnionej opinii oficjalnie wezwała Polskę do zmiany przepisów krajowych. Należy dodać, że ta sama kwestia jest przedmiotem pytania prejudycjalnego skierowanego przez polski sąd do Trybunału Sprawiedliwości na podstawie art. 234 Traktatu WE. Sprawa ta jest obecnie w toku (sprawa C-414/07).